W roku 1967 w istniejącym wówczas na Politechnice Krakowskiej Wydziale Budownictwa Wodnego powstała Katedra Wodociągów i Kanalizacji. Przez trzy lata, do roku 1970, jej pracą kierował prof. Tadeusz Gabryszewski (+). W 1970 roku nastapiła reorganizacja wydziału, w wyniku której zlikwidowano podział na Katedry, a sam Wydział zmienił nazwę na Wydział Inżynierii Sanitarnej i Wodnej. W miejsce istniejących do tego czasu Katedr powołano do życia trzy nowe Instytuty: Instytut Inżynierii Wodnej, Instytut Geotechniki i Instytut Inżynierii Sanitarnej - powstały na bazie Katedry Wodociągów i Kanalizacji, którego pierwszym dyrektorem został prof. Tadeusz Gabryszewski(+). W roku 1974 zmieniona została nazwa Instytutu na Instytut Inżynierii Sanitarnej i Ochrony Środowska, a w 1992 roku na Instytut Zaopatrzenia w Wodę i Ochrony Środowiska, pod którą działa on do chwili obecnej. W 1994 roku zmieniono nazwę Wydziału na: Wydział Inżynierii Środowiska.

Rozwój działalności i pozycji Instytutu w ostatnich dwudziestu latach byl inspirowany przez jego kolejnych dyrektorów: prof. Artura Wieczystego (+), prof. Zbigniewa Pietrzyka, prof. Krzysztofa Knapika, prof. Wojciecha Dąbrowskiego i ponownie prof. Krzysztofa Knapika. Po objęciu stanowiska Dziekana Wydziału Inżynierii Środowiska przez prof. Knapika w 2002 r. funkcję Dyrektora Instytutu objęła dr hab. inż. Teresa Lubowiecka, prof. PK, która kontynuowała politykę swoich poprzedników. W roku 2007 roku funkcję Dyrektora Instytutu pełni prof. dr hab. inż. Wojciech Dąbrowski a od roku 2009 dr hab. inż. Krzysztof Knapik, prof.PK.